seq1 = cdna.seq, 727 bp
seq2 = genomic (49206AAGCTTCACACTCACTCCAAAGTCCATACCAATACCCTTCTCTTCTCCTTAATTTCTCTA), 73019 bp

>gi|26019671|gb|CA781638.1|CA781638 031C12AF Infected Arabidopsis Leaf Arabidopsis thaliana cDNA, mRNA sequence
>49206AAGCTTCACACTCACTCCAAAGTCCATACCAATACCCTTCTCTTCTCCTTAATTTCTCTA

(complement)

1-288  (55642-55933)   97% ->
289-727  (57038-57476)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 GAAC TGGTA CGAGAGTGCTGAT T TCTTTACACCAATTAGCTGATAT
        ||||-|||||-|||||||||||||-|-|||||||||||||||||||||||
  55642 GAACCTGGTACCGAGAGTGCTGATGTGTCTTTACACCAATTAGCTGATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47 CCAGCCCGGGCCATCCATTTTGGTTGATCAAATGGATACTGAAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  55692 CCAGCCCGGGCCATCCATTTTGGTTGATCAAATGGATACTGAAGAATTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97 AAAATCCTGATGTGTCTTTACACCAATTAGCTGATATTGAGCCCTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  55742 AAAATCCTGATGTGTCTTTACACCAATTAGCTGATATTGAGCCCTCACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147 TCTATTTCAGCTGTGCAAAAGAATATTGAGGATAAGGATCAAAGTCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  55792 TCTATTTCAGCTGTGCAAAAGAATATTGAGGATAAGGATCAAAGTCACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197 TGAAACTGCTGGATCTGAGTTAGTTGATGTCTCTGCCGAATGTTCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  55842 TGAAACTGCTGGATCTGAGTTAGTTGATGTCTCTGCCGAATGTTCAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247 AACCTCAAGTTCAATTACCGCCATCCGCAGAGCCAATGGAAG        
        |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||>>>...>>
  55892 AACCTCAAGTTCAATTACCGCCATCTTCAGAGCCAGTGGGAGATA...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289  TTGTGCAAACGAATATTGAGGATCAAGATCAAATTGAAACAGGTGGATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57037 GTTGTGCAAACGAATATTGAGGATCAAGATCAAATTGAAACAGGTGGATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338 TGATTTAATTAATGTCCCTTCCGGATGTTCAACAGAACCTCAAATTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57087 TGATTTAATTAATGTCCCTTCCGGATGTTCAACAGAACCTCAAATTCAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 TATCGTCATCCGCAGAGCCCGAGGAAGGTATGCACATTCACTTAGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57137 TATCGTCATCCGCAGAGCCCGAGGAAGGTATGCACATTCACTTAGAGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 GCAATGAACTCTGAAACGGTGGTTACTGAAGGTTCAGAACTCCCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57187 GCAATGAACTCTGAAACGGTGGTTACTGAAGGTTCAGAACTCCCTTCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TCTCCCAATGACGGAGGACGAAAATGCTGATGGCCAATTAGCTGAAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57237 TCTCCCAATGACGGAGGACGAAAATGCTGATGGCCAATTAGCTGAAGTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AGCCCTCAGTGTCTCTTACAGTTGAGCAAACTAACATTGAGGAGAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57287 AGCCCTCAGTGTCTCTTACAGTTGAGCAAACTAACATTGAGGAGAAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CACATTGAAACTGCCGAATGTGAGTTAGTTGATGTCTCTCCCGGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57337 CACATTGAAACTGCCGAATGTGAGTTAGTTGATGTCTCTCCCGGATGTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATCACAACCTGAAGTTAAATTTCCGCCATCCCCAGATGCAGTGGGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57387 ATCACAACCTGAAGTTAAATTTCCGCCATCCCCAGATGCAGTGGGAGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGGACGTTCACTTAGAAACCGTTGTTACTGAAGACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57437 TGGACGTTCACTTAGAAACCGTTGTTACTGAAGACACAGA